Vous avez très bien compris les avantages et les inconvénients des deux méthodes.
Si vous souhaitez profiter pleinement du placement automatique il vaut mieux laisser les cours indépendants. Cela donne plus de liberté à l'algorithme qui aura cependant aura, cependant, besoin de plus de temps pour trouver une solution optimale.
En général on prend des décisions au cas par cas. Si vos demi groupes sont différents selon les matières, il peut être judicieux de regrouper certains cours. A contrario, si vos demis demi groupes sont toujours les mêmes, le placement automatique trouvera plus facilement une association.